Nos Lençóis, as lagoas classificadas como temporárias, provavelmente possuem baixa diversidade de espécies e ocupação inicial por espécies r estrategistas. As espécies fitoplanctônicas devem ser compostas principalmente de organismos com alta taxa de reciclagem, com predomínio de nano e picoplâncton. A elevada transparência da água e períodos diários de estratificação/desestratificação térmica também são importantes características físicas controladoras particularmente da produtividade primária fitoplanctônica (Moschini-Carlos & Pompêo, 2001). As lagoas potencialmente permanentes podem desenvolver uma comunidade mais rica e com maiores níveis de interações intra e interespecíficas e com tendência de predomínio por organismos fitoplanctônicos maiores.
De maneira geral, as lagoas apresentam baixa riqueza de espécies fitoplanctônicas e zooplanctônicas. Em estudo desenvolvido em dez lagoas dos Lençóis Maranhenses (Moschini-Carlos e colaboradores, dados não publicados), verificou-se uma riqueza de 18 a 27 táxons para organismos fitoplanctônicos. No entanto, para algumas espécies as densidades foram muito elevadas atingindo, para Cocconeis placentula, valor da ordem de 480 ind./ml. Da mesma forma que para a assembléia fitoplanctônica, a assembléia zooplanctônica também apresentou baixa riqueza (Pereira, 1999). Análise qualitativa da assembléia de algas perifíticas também sugere baixa riqueza de espécies nas lagoas dos Lençóis Maranhenses.
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