Os morcegos possuem determinadas características que os tornam espécies sensíveis. Estas caraterísticas por si só não seriam problemáticas mas quando associadas à ação do homem, tornam-se de facto graves fatores de ameaça. São elas a sua baixa taxa de reprodução e viverem em colónias. A baixa taxa de reprodução é causada por atingirem a maturação sexual tardiamente, por cada fêmea apenas ter uma cria por ano e por possuírem grande longevidade. As colónias podem ser pequenas, com poucas dezenas de indivíduos ou centenas de indivíduos.
As ameaças mais comuns à sobrevivência dos morcegos são a destruição de abrigos, pois por viverem em colónias quando um abrigo é destruído toda a colónia é negativamente afectada. A utilização excessiva de pesticidas é outra ameaça. Os morcegos existentes nos Açores alimentam-se de insetos, se estes estiverem infetados com pesticidas vai haver uma acumulação do pesticida no morcego, acabando por matá-lo. A utilização de arame farpado nas vedações é outra ameaça, pois os morcegos ficam presos no arame, acabando por morrer.
A perturbação de abrigos é outra ameaça comum, uma perturbação pode resultar na queda das crias e por as fêmeas não conseguirem levantá-las do chão estas acabam por morrer, da perturbação de um abrigo pode resultar também que uma cria fique com o cheiro de quem lhe tocou o que leva a que a fêmea rejeite a cria.
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